1631.-
1791. - Barokno uređenje unutrašnjosti katedrale. Biskup
Franjo Ergeljski (1628.-1637.) povjerava 1631./1632. kiparu Hansu Ludwigu Ackermannu gradnju novog glavnog oltara. U apsidama pokrajnjih brodova postavljaju se također dva velika barokna oltara. Biskup
Aleksandar Ignacij Mikulić (1688. - 1694.) povjerava 1686. izradu oltara Majke Božje u lijevom ili južnom brodu zagrebačkom stolaru Matiji Erlmanu, a oltar svetog Ladislava u desnom ili sjevernom brodu povjerava 1688. ljubljanskom i kasnije zagrebačkom kiparu Ivanu Komersteineru. Oltare s kipovima bogato su obogatili slikama i pozlatom slikari Eisenhort iz Austrije i Bernardo Bobić iz Zagreba. U vrijeme biskupa
Martina Borkovića (1667.-1687.) stolar Matija Erlman izrađuje barokne kanoničke klupe i stalak za čitanja (današnji lijevi ambon). Ubrzo svi kameni oltari dobivaju barokne drvene oltarske nastavke. Ljubljanski kipar Mihajlo Kussa 1696. postavlja u lađi baroknu mramornu propovjedaonicu, a 1703. i dva prva mramorna oltara. Talijanski kipar Francesco Robba postavlja 1733. mramorni oltar svete Katarine i 1738. oltar svete Barbare. Osim ovih oltara iz doba baroka u katedrali su se nalazili i drugi drveni ili kameni oltari, ukupno trideset i dva oltara. Prigodom popločenja poda 1791. iz katedrale su uklonjene mnoge nadgrobne ploče.