Približavanjem turske opasnosti, Zagreb postaje trajno gradilište utvrđivanjem zagrebačke katedrale i Kaptola te se stanovništvo stalno povećavalo i pomagalo u zaštiti i obrani. Biskupi Šimun Erdödy (1518.-1543.) i Juraj Drašković (1563.- 1578.) uredili su novi stan za biskupa u sklopu četverostrane "kule u Biskupskom dvoru". Biskup Š. Bratulić (1603.-1611.) spojio je Dvor visećim hodnikom s Katedralom 1607. i imao ga je vremena dobro ukrasiti renesansnim dekoracijama te svojim biskupskim grbom i motom "
SVE IZ VISINE" (Omnia ex alto). To je odavalo optimizam za trajniju budućnost.
Zagrebački biskup Petar Domitrović (1611.-1628.) vraća kapeli Sv. Stjepana Prvomučenika "nekadašnju krasotu", s arhitektonskim plastičnim ukrasima i freskama, "na slavu Trojedinog Boga i Presvete Bogorodice i drugih nebesnika, a osobito na čast sv. Stjepana Prvomučenika i drugih svetaca da nikad više ne prestane slavljenje Božjeg imena". To je i dokumentirao u kamenom natpisu: "NEKADAŠNJE BOGOSLUŽJE U ČAST SV. STJEPANA MUČENIKA OBNOVIO BISKUP PETAR DOMITROVIĆ". Također je odredio kanonika altaristu obdareći ih sredstvima za održavanje - "nemalim zemljama i jednim vinogradom".
Biskup Petar Domitrović produžio je Biskupski dvor do kule Nebojan i kapelu Sv. Stjepana uključio u jednokatni Biskupski dvor 1619. godine. S dvorišne strane palaču je rastvorio arkadama u prizemlju s nadsvođenim, nekada otvorenim arkadnim hodnikom koji je nadsvođen plitkim baroknim križnim svodom na pojasnicama s kasnorenesansnim strukturama. Ujedno je dovršio i sjeverozapadnu kulu, Severnik ili današnju Domitrovićevu kulu 1621. i postavio svoj biskupski grb.
Kaptol je tada bio potpuno definiran čvrstim utvrdama. Nekad otvoreno, dijelom rasuto naselje s podgrađima i jezgrama samostana s njihovim crkvama, ukrašeno palisadama, otada je bilo omeđeno zidovima koji su određivali smjerove, opseg i gustoću izgradnje, a katedrala je postala "CRKVA TVRĐAVA".
POŽARI U ZAGREBU 17. STOLJEĆU
Osim turskih opasnosti u Zagrebu su se događali česti požari. Dramatično je bilo za vrijeme požara 1624. godine kad je požar oštetio osim kuća i Biskupski dvor i katedralu. Kad su biskupi uspjeli sve obnoviti i opremiti te je biskup Martin Bogdan (1643.-1647.) dovršio zvonik s novom bakrenom kupolom, ponovno se dogodio velik požar 1645. s ponovnim stradanjem katedrale, Biskupske palače te svih kanoničkih kuća. Biskup Petar Petretić (1648.-1667.) nastavio je s obnovom Katedrale i biskupske palače. Da spriječi ponovne požare dao je Katedralu i Dvor 1665. godine prekriti crijepom.
Kako se biskup P. Petretić poslije dugogodišnje turske okupacije zauzeo za obnovu zapuštenih crkvi na okupiranom teritoriju Zagrebačke biskupije, bio je primoran u Dvoru otvoriti i Vezilačku radionicu za izradu liturgijskog ruha. Vezilačka radionica je dijelom djelovala i na biskupskom imanju u Vugrovcu gdje je organizirao mladiće i djevojke koji su već radili na tradicijskom umjetničkom vezu zagrebačkog kraja. Za Katedralu je dao izraditi svečane ornate u svim liturgijskim bojama. Veliku brigu posvetio je pastoralnom radu objavljivanjem Evanđelja i katekizma i drugih obrednika provodeći obnovu prema zahtjevima Tridentskog koncila (1545.-1565.).
Za zornu katehizaciju osobno je izradio nacrte za glasoviti
Božji grob s umjetničkim prikazima Kristova Otkupiteljskog djela popraćene s tekstovima iz Evanđelja i citatima crkvenih otaca kojeg su umjetnički izvezli mladići i djevojke iz Vugrovca pod vodstvom renomiranog vezilca Jakoba Wolfanga Stolla.
Biskup Martin Borković (1667.-1787.), izabran za zagrebačkog biskupa sa sedamdeset godina, prihvatio je sve tadašnje pastoralne i druge izazove. Kao pavlinski poglavar, za koji je red mnogo doprinio otvorivši visoko učilište s pravom dodjeljivanja akademskih stupnjeva u Lepoglavi, čiji je red inače u Hrvatskoj širio prosvjetu, književnosti i umjetnost, mnogo je učinio za Zagrebačku biskupiju. U Riznici je ostavio putni štap kojim je dva puta propješačio cijelu Biskupiju i dao se u potragu za kipom Majke Božje Bistričke skrivenim pred Turcima.
Doživio je tragične dane Hrvatske pogibijom Zrinskog i Frankopana, te je Domovinu Hrvatsku stavio pod zaštitu Sv. Josipa. Nastavio je obnavljati i Dvor i Katedralu. Produžio je sakristiju na istočnu stranu i izgradio je dio dvora na istočnoj strani za biskupske namještenike.
Biskup Aleksandar Ignacije Mikulić (1688.-1694) izgradio je 1692. zgradu Biblioteke između Bakačeve kule i Dvora s posebnim ulazom iz unutrašnjosti Dvora. Na pročelje zgrade stavio je mramornu spomen-ploču ukrašenu volutama i anđelima s biskupskim grbom i natpisom s kronogramom koji daje godinu 1692.: "ALEKSANDAR IGNACIJE MIKULIĆ, BISKUP ZAGREBAČKI, PODIGAO" (Alexander Ignatius Mikulits Praesul Zagrabiensis erexit). Knjige je lijepo uredio, poneke obnovio i nabavio Valvazorovu grafičku zbirku te je tada prvi puta nazvana Metropolitana.
Na Metropolitani nastavio je raditi biskup Stjepan Selišćević (1694.-1703.) donijevši 1695. godine posebne propise, prve Konstitucije, i uredio glavni ulaz iz dvora. On se posebno zauzeo za zapuštene biskupske rezidencije na biskupskim posjedima u Ivaniću, Dubravi, Gradcu i Lupoglavu i puno doprinio cjelovitosti područja Zagrebačke biskupije.
DOGRADNJA BISKUPSKOG DVORA ZA BISKUPA JURAJA BRANJUGA
Kad su sve opasnosti prošle, biskup Juraj Branjug (1723.-1748.) dogradio je 1729. godine na postojeću biskupsku palaču drugi kat na južnom dijelu trapezoidnih utvrda oko Katedrale i opremio je namještajem. Od kapele Sv. Stjepana istočno i zapadno te od jugoistočne kule do Velike četvrtaste kule obnovio je postojeće prostore dvora i postavio svoj biskupski grb. Postojeće kružne i pravokutne kule iz početka 16. stoljeća ugradio je i preuredio u kružne dvorane s nizom drugih svečanih dvorana te reprezentativnim baroknim stubištem na mjestu "kule u Biskupskom dvoru". S dvorišne strane sačuvana je prostorna ranorenesansna struktura iz doba biskupa P. Domitrovića. Kako je biskup P. Petretić u Dvoru smjestio Vezilačku radionicu, biskup Branjug je otvorio kiparsku radionicu za opremu ne samo Zagrebačke Katedrale već i za crkve po cijeloj Zagrebačkoj biskupiji.
Biskup J. Branjug, poznat je kao graditelj novih crkvi u Hrastovici, Pokupskom, Cerniku, Gradecu i Gorici kod Kupe, a u postojećim crkvama izradio je nove oltare i unutarnju opremu. U Požegi je iz temelja izgradio biskupsku palaču. Bio je uzor i kanonicima koji su također obnavljali kurije i pribavljali umjetnička djela.
BISKUPI MAKSIMILIJAN VRHOVAC I ALEKSANDAR ALAGOVIĆ
Biskup M. Vrhovac (1787.-1827.) zauzet je za pastoralni, prosvjetni, vjerski, zdravstveni i gospodarski napredak. U vrijeme kada je Josip II. ukinuo samostane, žarišta vjerskog, kulturnog i gospodarskog života, biskup M. Vrhovac je u tim prostorima osnovao stotinu novih župa. Okružnicom je pozvao svećenstvo na skupljanje narodnog blaga. Biskupski dvor je u Vrhovčevo doba bio središte ne samo vjerskog, već kulturnog i društvenog života. Biskup je u dvoru priređivao primanja na kojima su se vodile znanstvene i literarne rasprave, nastupali književnici, pjesnici, glazbenici, slikari i pjevači i bio je preteča Hrvatskog narodnog preporoda.
Prigodom dolaska cara Franje II. u Zagreb, 1818. godine, napisao je pjevni tekst Pleszopiszen, narodni napjev prema kojem je izvedena "smotra folklora" kojom je htio ujediniti sve hrvatske zemlje u jednu cjelinu s jedinstvom hrvatske kulture, jezika i pisma. Isto je tako povezivao prometno i gospodarski Hrvatsku koju je i morao braniti dok se Hrvatski ban nalazio na ratištu izazvan Napoleonovim ratovanjem. Zbrinjavao je ranjenike i izbjeglice, a Biskupski dvor je tada postao sklonište stranih poslanika bježeći pred Napoleonom. U Biskupskom dvoru Vrhovac je sklonio i caričine dragocjenosti za vrijeme Napoleonovog napada na Beč. Nije bilo nijedne kulturne, humanitarne ili gospodarske institucije koju biskup M. Vrhovac nije potpomagao. Dao je izgraditi bolnicu u Zagrebu, lječilište u Stubičkim Toplicama, uređivao Park Maksimir i Ribnjak.
Biskup M. Vrhovac otvorio je dvoja vrata u zapadnom bedemu s jedne i druge strane Bakačeve kule radi lakšeg ulaza u Katedralu. Uređivao je unutrašnjost Katedrale s ciljem aktivnog sudjelovanja vjernika u bogoslužju. Dao je izraditi tlocrt Katedrale i otvorio svetište tako da je bio vidljiv glavni oltar zaklonjen pregradnim zidom ili emporom. Izvršio je temeljitu vizitaciju i sve dokumentirao opširnim opisom i popisom inventara. Osim drugih aktivnosti puno je pažnje posvetio vrtu i parku Ribnjaku oko Katedrale i Dvora.
Ono što nije uspio završiti, nastavio je njegv naljednik biskup Aleksandar Alagović (1829.-1837.). Nastavio je graditi i uređivati Katedralu dogradivši sakristiju umjesto Borkovićeve prigradnje. Između zvonika nad ulazom u Katedralu uredio je neogotičko pjevalište 1830. s nadsvođenim trijemom na četiri stupa i nabavio nove orgulje koje su danas u Pregradi. Umjesto Ackermanovog glavnog oltara, zbog trošnosti, postavio je novi oltar sa slikom Uznesenja BDM, koju je naslikao bečki slikar Joseph Ziegler prema Tizianovoj Assunti, koju je kasnije Haulik prigodom uređenja svetišta predao župnoj crkvi u Pregradi.
Biskupskoj palači dao je novo lice nastavivši širiti preporodne priredbe na hrvatskom jeziku. Izvedbu stubišta u Dvoru povjerio je najistaknutijem klasicističkom arhitektu Bartolu Felbingeru (1785.-1871.). Na sjevernoj, istočnoj i zapadnoj kuli dao je otvoriti prozore i iznutra ih uredio. Godine 1833. dogradio je istočno krilo Biskupskog dvora produljenjem na istočnoj strani do sjeveroistočne kule koju je uključio u Dvor te dao izraditi mali željezni balkon prema Ribnjaku i ukrasio ga svojim inicijalima. Zbog dotrajalosti dao je s bedema ukloniti drvene obrambene hodnike (Währgänge). Na južnom pročelju Dvora dogradio je staklenike (oranžerije) i uredio Biskupski vrt.
Ulazna velika dvokatna pravokutna kula na istočnoj strani Biskupskog dvora (Magna porta) služila je i dalje za kolni ulaz od Vlaške ulice i Ribnjaka. U prizemlju su sačuvani kameni polukružni profilirani portali nekadašnjeg ulaznog prostora sa sedilijom i nišama, puškarnica unutar adaptiranog prostora s novim betonskim stubištem i portirnicom na ulazu u Nadbiskupski duhovni stol.
Biskupska palača vrhunsko je dostignuće fortifikacijske arhitekture i obilježava sliku Kaptola. Osim što su se u Biskupskoj palači održavale i saborske sjednice, budući da je zagrebački biskup tijekom povijesti vršio službu banskog namjesnika (locumtenens bani), u 18. i početkom 19. stoljeća Biskupska palača bila je središte društvenog života u Hrvatskoj s brojnim koncertima i kulturnim priredbama. I Vrhovac i Alagović utemeljitelji su Hrvatskog glazbenog zavoda, jer je Vrhovac ukinućem Bogoslovije u vrijeme Josipa II. bio prisiljen pozvati u Katedralu stručne pjevače iz Beča, današnje koraliste, koji su se organizirali u Društvo skladnoglasja - Musikverein, 1827. godine. Jedan od najznačajnijih pokrovitelja bio je kardinal Juraj Haulik, inače virtuozni pijanist. Godine 1876. uselili su se u vlastitu novosagrađenu zgradu u Gundulićevoj ulici s bogatom knjižnicom rijetkih izdanja.
NADBISKUPSKI DVOR METROPOLITANSKOG GRADA 1852.
Kako je biskup Juraj Haulik vršio službu banskog namjesnika, 1845. godine počeo je proces uzdignuća Zagrebačke biskupije u Nadbiskupiju-Metropoliju, što je bilo započeto još 1227. godine. Službeno je to obznanio Kaptolu s planom poljepšanja Katedrale za takvu svečanost. Počeo je s uređenjem svetišta Katedrale, a kao pijanista-virtuoz u Biskupskom dvoru je pojačao održavanje koncerata i kulturnih priredaba. Svečanost uzdignuća Zagrebačke biskupije u Nadbiskupiju-Metropoliju, održana je 8. svibnja 1853. godine u obnovljenoj Katedrali, ali se slavilo više dana i to u čitavom Zagrebu s okićenim prozorima, izvješenim zastavama kako u Biskupskom dvoru tako i po zagrebačkim ulicama do Maksimirskog perivoja.
Ujedno je Haulik bio uzdignut za prvog zagrebačkog nadbiskupa i kasnije imenovan kardinalom. To je bilo s razlogom opće veselje te je zaključio da je tijekom povijesti bilo lijepih i svečanih trenutaka, ali u usporedbi sa takvim događajem ne da se niti jedan događaj usporediti. Zagreb je tada postao pravi srednjoeuropski grad i svi su težili i dalje dograđivati ustanove i spomenike koji su još nedostajali jednom velegradu. Kardinal Haulik je 1855. godine k dvojim orguljama počeo izrađivati nove, remek djelo orguljske umjetnosti. Kao pijanista - virtuoz kvalitetu zvuka povjerio je Walckerovoj radionici u Ludwigsburu. Nove orgulje kasnijom obnovom, zbog potresa 1880., i dograđivanjem za koncertne izvedbe, imaju 4 manuala, 78 registra sa sustavom za komponiranje.
Nacrte za monumentalno pročelje izradio je sam Haulik u stilu novouređenog svetišta angažirajući magistra Josepha Fassinga. On je u pet polja poredao 6068 svirala različite visine sa središnjim poligonalnim tornjićem koji je utopljen u raskošnoj dekoraciji stupića, konzola, fijala i gustog filiganski izvedenog ornamenta uz kvartetnu anđeosku pratnju i svetaca zaštitnika, Grgura, Ambrozija i Cecilije.
I dalje se Zagreb poljepšavao, a posebice Nadbiskupska palača te su uz domaće majstore arhitekte Franje Kleina i Janka Grahora, koji su 1870. godine izradili arhitektonsku snimku Dvora, dozvali i najbolje arhitekte Friedricha Schmidta i Hermana Bolléa. H. Bollé se 1878. stalno nastanio u Zagrebu i započeo s pripremama za rekonstrukciju Katedrale prema Schmidtovim nacrtima koji su bili odobreni kako od Zagrebačke nadbiskupije tako i od Poglavarstva Grada Zagreba. Obnovu Katedrale započeli su s istočne, vanjske strane 1878. godine.
Ipak se H. Bollé prvotno najviše zadržavao na Nadbiskupskom dvoru i započeo s izrađivanjem raskošnog namještaja za pojedine dvorane i blagavaonicu. Uredio je na drugom katu Dvora privatnu biskupsku kapelu, s oltarnom slikom Raspeća sa svecima, renesansnog slikara Gian Francesca da Tolmezza iz 1505. koja se tada nalazila u katedralnoj sakristiji.
U sklopu Nadbiskupskog dvora razgledavao je izvorno romaničko-gotičku kapelu Sv. Stjepana Prvomučenika, podignutu 1250. godine. Kapela ima pravokutni tlocrt i nadsvođena je križnorebrastim svodom s klesanim kapitelima i zaglavne kamenove s ukrasima. Po zidovima i svodu oslikana je freskama u 14. stoljeću prema Riminijevoj školi, Giottove tehnike, ispod kojih se naziru starije freske iz kraja 13. stoljeća. Osim što je kapela Sv. Stjepana tako znamenit povijesno-umjetnički spomenik, ona je služila i u liturgijske svrhe te je u njoj Bollé doživio milost krštenja. U takvim aktivnostima dogodio se potres, 9. studenog 1880. u 7 sati i 3 minute, jačine 6,3 stupnja te je sve trebalo početi od početka.